Teadus- ja arendusasutuste sihtfinantseerimine toimus teadusteemade alusel vastavalt haridus- ja teadusministri määrusele (04.09.2010). Sihtfinantseeritavate teadusteemade alusel finantseeriti teadusasutuste uurimisrühmi.

Alates 2012. aastast enam uusi sihtfinantseerimistoetusi ei antud. Sihtfinantseerimist asendas uue rahastamismehhanismina institutsionaalne uurimistoetus.

Sihtfinantseerimist oli õigus taotleda teadus- ja arendusasutusel, mis on evalveeritud ja kantud teadus- ja arendusasutuste registrisse. Teema sihtfinantseerimise jätkamise aluseks oli Teaduskompetentsi Nõukogu hinnang tehtud töö tulemustele. Uue teema sihtfinantseerimise otstarbekuse hindamisel arvestas Teaduskompetentsi Nõukogu taotlevas teadus- ja arendusasutuses selle teema täitmiseks loodud eeldusi ning teema aktuaalsust. Teadus- ja arendusasutuste teadusteemad kuulusid hindamisele igal aastal.