Teadus- ja riigiasutused saavad tuge teadustööga seotud personali koolitamiseks, rakendusuuringute tellimiseks ning teadusasutuste evalveerimiseks.
Mobilitas Pluss programmist vahendame Euroopa Regionaalarengu Fondist rahastatavaid toetusi, mida saab kasutada nii teadus- ja arendusasutuste riikidevahelise teaduskoostöö edendamiseks kui teadlaskarjääri rahvusvaheliseks arendamiseks.
Valdkondliku teadus- ja arendustegevuse toetamise programmi RITA eesmärk on suurendada riigi rolli teaduse strateegilisel suunamisel ning teadus- ja arendusasutuste võimekust ühiskondlikult oluliste uuringute läbiviimisel. Programmi kaudu rahastab Eesti Teadusagentuur Eesti riigi vajadustest lähtuvaid sotsiaal-majanduslike eesmärkidega rakendusuuringuid ning ministeeriumite teadus- ja arendusteemadel nõustavate teadusnõunike ametikohti.
Ressursside väärindamise teadus- ja arendustegevuse toetamise programmi ResTA eesmärk on toetada ettevõtluse vajadusest lähtuvat teadus- ja arendustegevust puidu, toidu ja maapõueressursside väärindamisel, et soodustada neis valdkondades teadusrühmade võimekuse tõusu, valdkondlike spetsialistide pealekasvu ning arenduskoostööd ettevõtete ja teadusasutuste vahel. Sel moel suureneb sidusus teadus- ja arendustegevuse ning Eesti ja Euroopa majanduskasvu vahel.
Eesti Teadusagentuuri koordineeritav Eesti EURAXESSi tugivõrgustik pakub tuge välisteadlaste ja -teadustöötajate leidmisel ning on abiks nende Eestis kohanemisel.
Teadus- ja arendusasutuse korraline evalveerimine on välishindamine, mille käigus hinnatakse teadus- ja arendusasutuse vastava valdkonna taset võrreldes valdkonna rahvusvahelise tasemega.
Kuni 2016. aastani anti välja ka institutsionaalset uurimistoetust, mis võimaldas teadus- ja arendusasutusel rahastada kõrgetasemelist teadus- ja arendustegevust ning ajakohastada ja ülal pidada selleks vajalikku taristut. Eesti Teadusagentuur jälgib teadus- ja arendusasutuse esitatud aruannete põhjal uurimisteemade täitmise edukust.