Sihtasutuse Eesti Teadusagentuuri nõukogu on juhtorgan, mis kavandab teadusagentuuri tegevust, korraldab juhtimist ja tegeleb järelevalvega. Nõukogu liikmed määrab ja kutsub tagasi haridus- ja teadusminister. Nõukogu liikme volitused kestavad viis aastat.
Nõukogu koosseis:
- Renno Veinthal – Haridus- ja Teadusministeeriumi teadus- ja arendustegevuse ning kõrg- ja kutsehariduse poliitika asekantsler (nõukogu esimees)
- Tea Danilov – Arenguseire Keskuse juhataja
- Sille Kraam – Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumi majandusarengu asekantsler
- Jakob Kübarsepp – Tallinna Tehnikaülikooli professor, Eesti Teaduste Akadeemia liige
- Agu Leinfeld – ValueSpace OÜ juhatuse liige
- Tuuli Levandi – Rahandusministeeriumi strateegia talituse nõunik
- Toivo Maimets – Tartu Ülikooli professor