Sihtasutuse Eesti Teadusagentuuri nõukogu on juhtorgan, mis kavandab teadusagentuuri tegevust, korraldab juhtimist ja tegeleb järelevalvega. Nõukogu liikmed määrab ja kutsub tagasi haridus- ja teadusminister. Nõukogu liikme volitused kestavad viis aastat.
Nõukogu koosseis:
- Renno Veinthal – Haridus- ja Teadusministeeriumi teadus- ja arendustegevuse ning kõrg- ja kutsehariduse poliitika asekantsler (nõukogu esimees)
- Tea Danilov – Arenguseire Keskuse juhataja
- Agu Leinfeld – ValueSpace OÜ juhatuse liige
- Tuuli Levandi – Rahandusministeeriumi strateegia talituse nõunik
- Toivo Maimets – Tartu Ülikooli professor
- Sigrid Rajalo – Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumi innovatsiooni ja tehnoloogia osakonna juhataja
- Ringa Raudla – Tallinna Tehnikaülikooli Ragnar Nurkse innovatsiooni ja valitsemise instituudi täisprofessor tenuuris