Hindamisnõukogu võib moodustada eksperdikomisjone.
Eksperdikomisjonide ülesanded:
1. hinnata uurimistoetuse taotlusi;
2. teha hinnatu alusel põhjendatud ettepanekuid hindamisnõukogule;
3. toetada hindamisnõukogu teiste talle seadusega pandud ülesannete täitmisel.
Eksperdikomisjonidesse valitakse liikmed nende teadusliku ja erialase pädevuse alusel. Liikmete valikul arvestatakse lisaks ka nende senist eksperdikomisjonides töötamise kogemust. Stardi- ja rühmagranditaotlusi hindamiseks moodustatakse rahvusvahelised eksperdikomisjonid. Komisjonide moodustamisel jälgitakse, et liikmete teadusliku profiili kaudu oleks tagatud võimalikult laiapõhjaline (alam)valdkonna sisene erialade ja uurimissuundade esindatus. Samuti püütakse eksperdikomisjonides tagada liikmete sooline ja vanuseline tasakaal.
2023. aastal moodustas hindamisnõukogu granditaotluste hindamiseks järgmised eksperdikomisjonid (kinnitatud hindamisnõukogu 19.01.2023 koosolekul):
1. Täppisteadused (Loodusteadused, LO1):
1.1 Matemaatika, arvutiteaduste ja informaatika eksperdikomisjon (LO1-1)
1.2 Füüsikateaduste eksperdikomisjon (LO1-2)
1.3 Keemiateaduste eksperdikomisjon (LO1-3)
2. Bio- ja keskkonnateadused (Loodusteadused, LO2):
2.1 Maa-, vee- ja keskkonnateaduste eksperdikomisjon (LO2-1)
2.2 Raku- ja molekulaarbioloogia eksperdikomisjon (LO2-2)
2.3 Ökoloogia ja evolutsioonibioloogia eksperdikomisjon (LO2-3)
3. Tehnika ja tehnoloogia (TE):
3.1 Ehitusteaduste ja mehaanika eksperdikomisjon (TE1)
3.2 Elektrotehnika, elektroonika ja infotehnika eksperdikomisjon (TE2)
3.3 Materjalitehnika ja nanotehnoloogia eksperdikomisjon (TE3)
3.4 Keemia- ja keskkonnatehnika ning biotehnoloogia eksperdikomisjon (TE4)
4. Arsti- ja terviseteadused (AR):
Arsti- ja terviseteaduste eksperdikomisjon (AR)
5. Põllumajandusteadused ja veterinaaria (PÕ):
5.1. Põllumajandusteaduste eksperdikomisjon (PÕ1)
5.2. Veterinaaria ja loomakasvatuse eksperdikomisjon (PÕ2)
6. Sotsiaalteadused (SO):
Sotsiaalteaduste eksperdikomisjon (SO)
7. Humanitaarteadused ja kunstid (HU):
7.1 Ajaloo ja arheoloogia, etnoloogia, folkloristika ja antropoloogia eksperdikomisjon (HU1)
7.2 Keele- ja kirjandusteaduse eksperdikomisjon (HU-2)
7.3 Filosoofia, religiooniuuringute ja klassikalise filoloogia eksperdikomisjon (HU-3)
7.4 Kunsti- ja kultuuriteaduste ning semiootika eksperdikomisjon (HU4)
8. Järeldoktoritaotluste eksperdikomisjon
9. Teaduseetika ja andmehalduse eksperdikomisjon
Eksperdikomisjonide koosseisud ei ole avalikud.