Samuti toetab ETAG teadusprojekte ja tegevusi, mille lähtekoht on vajadus teha arukaid valikuid ja koondada tegevusi ning rahastust valdkondadele ja uurimisteemadele, mis aitaksid kõige paremini teadustulemuste toel ja erinevate osaliste koostöös luua lahendusi ühiskonna väljakutsetele. Selleks on ETAG-il järgmised meetmed:
- Temaatilised teadus- ja arendusprogrammid (TemTA) toetavad ettevõtete ja avaliku sektori asutuste vajadusest lähtuvaid teadusprojekte digilahenduste, tervise-, kohalike ressursside väärindamise ja energiavaldkonnas ning teadlaste, ettevõtete ja avaliku sektori asutuste vahelist koostööd.
- Elujõulise Eesti fookusvaldkonna programmide ja voorude kaudu toetatakse keele-, kultuuri-, haridus- ja ühiskonna protsesside valdkonna arengut.
ETAG koostab ja uuendab regulaarselt Eesti teadustaristu teekaarti, mis sisaldab loetelu uutest kui ka juba väljakujunenud riiklikult olulistest teaduse infrastruktuuriüksustest. Lisaks rahastab ja seirab ETAG iga-aastaselt teekaardi nimekirja kuuluvate teadustaristute tegevust ning osaleb riikliku esindajana rahvusvahelistes teadustaristutes, millega Eesti on liitunud.
Rahvusvahelise koostöö projekte rahastab ETAG bilateraalsete (PARROT programm Prantsusmaaga, Taiwani Riikliku Teadusnõukogu ja Jaapani Teaduse Edendamise Ühingu) ja üleeuroopaliste initsiatiivide (ERA-NET, EMBO) raames.
Euroopa Teadusruumi võrgustike (ERA-NET Cofund) raames rahastatakse Eesti teadlastele osalust temaatilistes projektides. Regionaalseks koostööks mõeldud Balti Teaduskoostöö programm rahastab Balti riikide ning Norra, Islandi ja Liechtensteini teadlaste koostööprojekte.
RITA programmist toetatakse Eesti riigi vajadustest lähtuvate sotsiaal-majanduslike eesmärkidega rakendusuuringute läbiviimist, et suurendada riigi rolli teaduse strateegilisel suunamisel ning TA asutuste võimekust ühiskondlikult oluliste uuringute läbiviimisel.