Teadus- ja arendusasutuste sihtfinantseerimine toimus teadusteemade alusel vastavalt haridus- ja teadusministri määrusele (04.09.2010). Sihtfinantseeritavate teadusteemade alusel finantseeriti teadusasutuste uurimisrühmi. Alates 2012. aastast enam uusi sihtfinantseerimistoetusi ei anta, toimub ainult jätkutaotluste vastuvõtt. Sihtfinantseerimist asendab uue rahastamismehhanismina institutsionaalne uurimistoetus.
Sihtfinantseerimist oli õigus taotleda teadus- ja arendusasutusel, mis on evalveeritud ja kantud teadus- ja arendusasutuste registrisse. Teema sihtfinantseerimise jätkamise aluseks oli Teaduskompetentsi Nõukogu hinnang tehtud töö tulemustele. Uue teema sihtfinantseerimise otstarbekuse hindamisel arvestas Teaduskompetentsi Nõukogu taotlevas teadus- ja arendusasutuses selle teema täitmiseks loodud eeldusi ning teema aktuaalsust. Teadus- ja arendusasutuste teadusteemad kuulusid hindamisele igal aastal.
SF 2012
- Teadus- ja arendusasutuste teadusteemade sihtfinantseerimise tingimused ja kord
- Eesti Teadusagentuuri teatis sihtfinantseeritavate teadusteemade 2013. a taotlusvoorust 12.09.2012
- Sihtfinantseerimise 2013 käskkiri 13.02.2013
SF 2011
-
Teaduskompetentsi Nõukogu märgukiri 2011. aasta teadusteemade sihtfinantseerimise taotlusvooru kohta
SF 2010
- Teaduskompetentsi Nõukogu märgukiri sihtfinantseerimise 2010. aasta taotlusvooru tulemuste kohta.
- Sihtfinantseerimise mahu kinnitamine 2010. aastaks (Haridus- ja teadusministri käskkiri, 22. detsember 2009).
- 2010. aastal mittefinantseeritud teemad (Haridus- ja teadusministri käskkiri nr 1336, 30. detsember 2009).
- Alameetme «Väikesemahulise teaduse infrastruktuuri kaasajastamine Eesti teadus- ja arendusasutuste teadusteemade sihtfinantseerimise raames» tingimused (Haridus- ja teadusministri määrus nr 41, 17. aprill 2009).
- Teaduskompetentsi Nõukogu märgukiri sihtfinantseeritavate teadusteemade 2010. aasta taotlusvoorust.
SF 2009
- Sihtfinantseerimise teemade rahastamise muutmine 2009. aastaks (pdf). 19.06.2009
- Sihtfinantseerimise mahu kinnitamine 2009. aastaks (pdf). 02.02.2009
- Teadus- ja arendusasutuste teadusteemade 2009. aasta sihtfinatseerimise taotluste mitterahuldamine (pdf). 02.02.2009
- Teadskompetentsi Nõukogu märgukiri sihtfinantseerimise 2009. aasta taotlusvooru tulemuste kohta (doc). 29.01.2009
- Teaduskompetentsi Nõukogu märgukiri sihtfinantseeritavate teadusteemade 2009. aasta taotlusvoorust. 26.08.2008
SF 2008
- HTM käskkiri 26 SF2008 täiendav finantseerimine
- Sihtfinantseerimise mahu kinnitamine 2008. aastaks
- Teaduskompetentsi Nõukogu märgukiri sihtfinantseeritavate teadusteemade 2008. aasta taotlusvoorust
- Teaduskompetentsi Nõukogu märgukiri 2008