Teadusagentuur tegutseb vastavalt Teadus- ja arendustegevuse ning innovatsiooni korralduse seadusele (TAIKS) ning juhindub oma tegevuses põhikirjast, riigi teadus- ja arendustegevust suunavatest strateegiatest ja teistest alusdokumentidest.
ETAGi strateegilist juhtimist ja järelevalvet teostab haridus- ja teadusministri nimetatud nõukogu. ETAGi tööd juhib ja tegevuse eest vastutab nõukogu määratud juhatus, lähtudes sihtasutuse arengukavast 2021–2027. Põhitegevusi teostavad neli osakonda ning neid toetab administratsiooniüksus, mis korraldab asutuse tugitegevusi.
ETAGi struktuur

Eesti teadus- ja arendustegevuse kvaliteedi hindamiseks töötab sihtasutuse juures eri teadus- ja arendustegevuse valdkondade tunnustatud teadlastest koosnev sõltumatu hindamisnõukogu, mille esimees on ETAGi juhatuse esimees.
Tutvu Eesti Teadusagentuuri aastaraamatutega.
