Eesti Teadusagentuur täidab teadustaristutega seonduvalt mitmeid erinevaid ülesandeid. Teadusagentuuri ülesandeks on koostada ja uuendada regulaarselt Eesti teadustaristu teekaarti, mis sisaldab loetelu uutest kui ka juba väljakujunenud riiklikult olulistest teaduse infrastruktuuriüksustest.

Eesti on astunud mitmete rahvusvaheliste teadustaristute (ESFRI teekaardi objektide jt) liikmeks. Teadusagentuuri rolliks on osaleda ühinemise ettevalmistamisel, esindada Eestit ühinemisläbirääkimistel ning peale liitumist osaleda rahvusvaheliste teadustaristute juhtorganites. Täpsem info rahvusvaheliste teadustaristute kohta, millega Eesti on liitunud, asub siin.

Teadusagentuur on osalenud lisaks ka EL struktuurivahendite perioodi 2014-2020 prioriteetse suuna 4 „Kasvuvõimeline ettevõtlus ja seda toetav teadus- ja arendustegevus“ meetme 4.2 „TA&I süsteemi kohaliku sotsiaalmajandusliku mõju suurendamine ja nutikas spetsialiseerumine kasvualade arendamiseks“ tegevuse 4.1.2 „Riikliku tähtsusega teaduse infrastruktuuri toetamine teekaardi alusel“ investeeringute kava koostamisprotsessis. Teadusagentuur osales investeerimisettepanekute esitamise dokumentatsiooni ettevalmistamise, investeerimisettepanekute kogumise korraldamise ja investeerimisettepanekute hindamisprotsessis.

Aastatel 2013-2019 osales teadusagentuur tuumiktaristu toetuse menetlusprotsessis institutsionaalsete uurimistoetuste (IUT) taotlusvoorude raames. Seoses IUT lõppemisega käivitus alates 2020 tuumiktaristu toetus eraldi skeemina ning Haridus- ja Teadusministeerium volitas teadusagentuuri tuumiktaristu toetuse menetlejaks. Tuumiktaristu on Eesti teadustaristu teekaardi objekt, mis osutab teenuseid ka väljapoole selle moodustanud asutust või asutusi ning mis kuulub tuumiktaristu loendisse.