Riikidevahelised koostööprogrammid pakuvad võimalusi teaduskoostöö rahastamiseks. Nii pakub Eesti-Taiwani koostööprogramm reisitoetusi Taiwani teadusasutustesse, Jaapani Teaduse Edendamise Ühing (JSPS) järeldoktori grante teadustööks Jaapanis ning PARROT programm reisigrante koostööks Prantsuse teadlastega.
Eesti-Taiwani koostööprogramm
ETAGi ja Taiwani Riikliku Teadusnõukogu vahel sõlmiti koostööleping 2012. aastal. Koostööprogrammi eesmärk on erinevate meetmete kaudu soodustada ning arendada kõrgetasemelist teadus- ja tehnoloogiaalast koostööd (kõikides fundamentaal- ning rakendusteaduse valdkondades) Eesti ja Taiwani teadlaste vahel. Igal aastal kuulutatakse välja ühine avalik konkurss, mille tulemusena antakse mõlema riigi teadlastele kuni kolm reisitoetust kestusega kuni kaks nädalat. Esitatavad taotlused ei pea olema kahe riigi teadlaste ühisprojektid, kuid lähetataval peavad olema loodud eelnevalt sidemed võõrustajaga. Taotlused esitatakse oma maa rahastavale organisatsioonile, kes hindab neid ning valib välja rahastatavad projektid.
Eesti-Jaapani koostöö rahastamisskeemid
Eesti Teadusagentuuri (ETAG) ja Jaapani Teaduse Edendamise Ühingu (Japanese Society for Promotion of Science, JSPS) koostöö toimub juba üle 20 aasta (alates 2002). Igal aastal on Eesti järeldoktoritele võimalus ETAGi vahendusel taotleda stipendiumi teadustööks Jaapanis kestvusega 12-24 kuud.
Alates 2024. aastast, avas ETAG koostöös JSPSiga uue skeemi, et tuua üks Jaapani teadlane aastas Eestisse teadustööd tegema 6-12 kuuks. JSPSi koostööskeemide eesmärgiks on edendada rahvusvahelist koostööd ja vastastikust mõistmist teadustöö kaudu.
2004. aastal osales ETAG esmakordselt European Interest Group (EIG) CONCERT-Jaapani ühistaotlusvoorus koos ELi riikide rahastusasutuste ja Jaapani Teadus- ja tehnoloogiaagentuuriga (Japanese Science and Technology Agency, JST).
CONCERT programmi taotlusvoorud toimuvad samal põhimõttel Horisont2020 ERA-NETide ja Horisont Euroopa partnerlustega – iga riik rahastab oma teadlaste osalust. Konsortsium peab koosnema minimaalselt kolmest partnerist, kellest vähemalt üks peab olema Jaapanist ning kaks partnerit kahest erinevast taotlusvoorus osalevast ELi riigist. Igal aastal valitakse taotlusvooruks uus teemavaldkond.
Eesti-Prantsuse koostööprogramm “G. F. PARROT”
Koostööprogrammi eesmärgiks on soodustada ning arendada kõrgetasemelist teadus- ja tehnoloogiaalast koostööd Eesti ja Prantsusmaa teadlaste vahel ning toetada eelkõige uusi koostööprojekte. Selle raames kuulutatakse regulaarselt igal paaris aastal välja avalik reisigrantide konkurss, millele võivad projekte esitada kõik teaduslaborid ja uurimisgrupid, mis kuuluvad kõrgkoolide, teadusasutuste või ettevõtete koosseisu. Konkurss hõlmab kõiki teadusvaldkondi. Doktorantide ning noorteadlaste kaasamine projektides on programmi jaoks prioriteetne. Hindamisel välja valitud ühisprojektide kestuseks on kaks aastat.